Le premier exemplaire du A-400M sort de l'usine de Séville en 2008. Début novembre 2008, EADS reconnaît avoir ralenti la production de l'appareil dans l'attente du premier vol du turbopropulseur TP400 prévu pour équiper son appareil. Le 29 mars 2009, Thomas Enders, président d'Airbus, admettait que l'entreprise "n'est pas en mesure de construire l'avion" et "qu'il vaudrait mieux annuler le programme plutôt que de s'enfoncer dans les difficultés." Cependant, les ministres de la Défense des pays partenaires du programme décidaient le 26 juillet 2009 de prolonger jusqu'à fin 2009 le moratoire avec Airbus. Le 20 septembre, le président d'EADS Louis Gallois annonça le vol inaugural de l'A-400M pour décembre 2009. Le premier vol d'essai, initialement prévu pour fin 2008, a finalement eu lieu le 11 décembre 2009 à Séville, soit un retard de plus d'un an sur le programme actuel, lui-même en retard par rapport au programme initial. Le programme connait une nouvelle étape le 30 avril 2012 quand l'Agence européenne de la sécurité aérienne (AESA) lui octroie sa certification partielle. Airbus obtient la certification complète le 13 mars 2013. Enfin, l'A400M obtient sa certification militaire le 31 juillet 2013, à la suite de la recommandation du comité d'experts rassemblant sept pays du programme le 19 juillet. L'armée de l'air française réceptionne le premier A-400M le 1er août 2013. À la suite de l'augmentation des coûts de développement du programme A-400M, estimés initialement à 20 milliards d'euros, des négociations ont eu lieu entre EADS et les différents États pour financer un surcoût estimé à 11 milliards d'euros. Lors de leur réunion de Palma de Majorque, les ministres de la Défense confirment leur intérêt dans le projet de l'A-400M et entament des négociations sur la répartition budgétaire. La France confirme prendre en charge un quart de la part du financement à la charge des états (400 millions d'euros sur 1,5 milliard d'euros d'avances remboursables). Un accord définitif est conclu en juin 2010, après débat au parlement allemand. L'A-400M est équipé de pneumatiques à basse pression, et leur grande surface au sol lui permet d'utiliser des terrains non préparés (pistes en terre, etc.). En conditions militaires, il est capable d'atterrir sur des pistes de moins de 700 mètres et de décoller sur celles de 1150 mètres. Le A-400M porte 9 pallettes militaires standard. Avec 30 tonnes de charge utile, il peut effectuer 4 535 km de vol. Toutefois, si l'on réduit sa charge à 20 tonnes, son autonomie est améliorée jusqu'à 6 390 km. Lors d'opérations militaires, le A-400M peut porter, en guise d'exemples, deux camions de 5 tonnes et deux canons de 105 mm, ou ou trois véhicules blindés de transport de troupes du type Luchs, ou ou un véhicule de lancement de missiles sol-air Patriot avec ses missiles, ou ou trois hélicoptères d'attaque de type Tigre, tête-bêche. Lors de missions humanitaires, l'appareil peut transporter: six Land Rover avec leurs remorques, ou ou un semi-remorque de plus de 25 tonnes, ou une grue de chantier.